Perturbation prediction on Replogle benchmark leaderboard · SOTA2 Research

Perturbation prediction on Replogle

0.039DEOverSquidiff

Evaluation Results

Method	Links
Squidiff2026.02		0.039	-10.19	0.091	0.419	0.432	0	0.079	0.366	0.089	4.641	2.077	0.5	0.501	0.501
Squidiff2026.03		0.039	—	0.091	—	0.432	0	—	—	0.089	4.641	2.077	—	—	—
Linear2026.02		0.068	0.991	0.074	0.353	0.535	0.056	0.085	0.435	0.058	0.013	0.074	0.519	0.517	0.667
Linear2026.03		0.068	—	0.074	—	0.535	0.056	—	—	0.058	0.013	0.074	—	—	—
CellFlow2026.02		0.11	0.757	0.093	0.442	0.472	-0.033	0.086	0.434	-0.003	0.0949	0.205	0.507	0.507	0.495
Mean Variant2026.02		0.11	0.798	0.092	0.421	0.475	-0.024	0.088	0.45	0.002	0.0699	0.174	0.505	0.505	0.506
CellFlow2026.03		0.11	—	0.093	—	0.472	-0.033	—	—	-0.003	0.0949	0.205	—	—	—
Mean Variant (per Batch)2026.03		0.11	—	0.092	—	0.475	-0.024	—	—	0.002	0.0699	0.174	—	—	—
Mean Variant2026.02		0.111	0.794	0.093	0.416	0.474	-0.027	0.089	0.453	-0.001	0.0711	0.175	0.502	0.503	0.501
Mean Variant (Overall)2026.03		0.111	—	0.093	—	0.474	-0.027	—	—	-0.001	0.0711	0.175	—	—	—
Mean2026.02		0.127	0.742	0.094	0.417	0.532	0.077	0.092	0.467	0.048	0.099	0.206	0.582	0.599	0.608
Mean2026.03		0.127	—	0.094	—	0.532	0.077	—	—	0.048	0.099	0.206	—	—	—
CPA2026.02		0.173	1	0.087	0.637	0.746	0.499	0.081	0.401	0.418	0.075	0.054	0.582	0.581	0.521
CPA2026.03		0.173	—	0.087	—	0.746	0.499	—	—	0.418	0.075	0.054	—	—	—
Mean Variant2026.02		0.178	1	0.087	0.417	0.743	0.492	0.078	0.404	0.412	0.0085	0.057	0.502	0.505	0.502
Mean Variant (per Cell Type)2026.03		0.178	—	0.087	—	0.743	0.492	—	—	0.412	0.0085	0.057	—	—	—
PerturbDiff2026.02		0.19	0.984	0.174	0.623	0.702	0.342	0.21	0.625	0.34	0.0147	0.081	0.69	0.7	0.575
PerturbDiff2026.03		0.19	—	0.174	—	0.702	0.342	—	—	0.34	0.0147	0.081	—	—	—
STATE2026.02		0.196	0.998	0.193	0.818	0.778	0.506	0.239	0.633	0.437	0.0064	0.055	0.788	0.802	0.676
STATE2026.03		0.196	—	0.193	—	0.778	0.506	—	—	0.437	0.0064	0.055	—	—	—
PerturbDiff2026.02		0.214	0.988	0.192	0.762	0.723	0.388	0.257	0.652	0.376	0.0146	0.079	0.758	0.762	0.639
SCALE2026.03		0.601	—	0.345	—	0.979	0.871	—	—	0.909	0.0009	0.072	—	—	—