Molecular Property Prediction on QM9

0CvQM9*

Evaluation Results

Method
QM9*2026.04	0	—	—	—	—	—	36	—	—	—	0.043	—	—	—	0.1	64	39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
JMP-L2026.03	0.017	2.9	2.8	4.3	2.8	8.8	8.6	19.1	—	0.9	—	0.032	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
JMP-S2026.03	0.018	3.3	3.3	4.5	3.3	11.1	10.8	23.1	—	1	—	0.037	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
CGT-SCD2026.03	0.019	3.96	4.11	5.29	4	9.65	9.05	19.7	—	1.22	—	0.0383	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SphereNet2023.04	0.021	6	7	8	6	23	18	32	—	1.12	0.026	0.046	0.292	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
CT-SCD2026.03	0.021	3.58	3.5	5.29	3.52	12.7	11.5	24.5	—	1.18	—	0.0377	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
LEFTNet2023.04	0.022	5	5	6	5	23	18	39	—	1.19	0.011	0.039	0.094	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
DimeNet++2021.02	0.023	6.32	6.28	7.56	6.53	24.6	19.5	32.6	—	1.21	0.03	0.044	0.331	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
DimeNet++2022.02	0.023	6.32	6.28	7.56	6.53	24.6	19.5	32.6	—	1.21	0.0297	0.0435	0.331	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
LEFTNet2023.04	0.023	6	7	7	6	24	18	40	—	1.33	0.012	0.048	0.109	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
DimeNet++2023.04	0.023	6	6	8	7	25	20	33	—	1.21	0.03	0.044	0.331	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EquiformerV22026.03	0.023	6.17	6.49	7.57	6.22	14	13	29	—	1.47	—	0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
2-F-DisGNN2023.02	0.0233	7.33	7.37	8.56	7.36	21.81	21.22	31.3	—	1.26	0.01	0.0431	0.0299	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PaiNN2021.02	0.024	5.85	5.83	7.35	5.98	27.6	20.4	45.7	—	1.28	0.012	0.045	0.066	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PaiNN2022.02	0.024	5.85	5.83	7.35	5.98	27.6	20.4	45.7	—	1.28	0.012	0.045	0.066	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PaiNN2023.04	0.024	6	6	7	7	28	20	46	—	1.28	0.012	0.045	0.066	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PaiNN2026.01	0.024	—	—	—	—	27	20	45	—	—	0.012	0.045	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PaiNN2025.12	0.024	5.85	5.83	7.35	5.98	27.6	20.4	45.7	—	1.28	0.012	0.045	—	0.066	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
DimeNet2023.02	0.0249	8.02	7.89	8.98	8.11	27.8	19.7	34.8	—	1.29	0.0286	0.0469	0.331	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Equiformer2023.04	0.025	10	11	10	10	17	16	33	—	1.32	0.014	0.056	0.227	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Cormorant2021.02	0.026	22	21	20	21	34	38	38	—	2.03	0.038	0.085	0.961	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Cormorant2022.02	0.026	22	21	20	21	34	38	61	—	2.027	0.038	0.085	0.961	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
ET2022.02	0.026	6.15	6.38	7.62	6.16	20.3	17.5	36.1	—	1.84	0.011	0.059	0.033	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Cormorant2023.04	0.026	22	21	20	21	34	38	61	—	2.03	0.038	0.085	0.961	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
ClofNet2023.04	0.026	8	8	9	8	33	25	49	—	1.59	0.038	0.053	0.425	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Cormorant2026.01	0.026	—	—	—	—	34	38	61	—	—	0.038	0.085	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
TorchMD-net2025.12	0.026	6.15	6.38	7.62	6.16	20.3	17.5	36.1	—	1.84	0.011	0.059	—	0.033	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
GoMS_MPNN2025.12	0.026	5.9	5.99	7.8	6.32	18.3	16.4	36	—	1.28	0.015	0.053	—	0.066	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
GoMS_GT2025.12	0.026	5.75	6.01	7.3	6.16	17.5	16	30.1	—	1.2	0.013	0.048	—	0.034	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Baseline (ET)2026.03	0.026	6.15	6.38	7.62	6.16	20.3	17.5	36.1	—	1.84	—	0.059	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
ClofNet2023.04	0.027	8	9	9	9	33	25	53	—	1.23	0.04	0.063	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EQGAT2023.04	0.027	13	13	12	13	26	22	44	—	1.5	0.014	0.063	0.257	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PhysNet2021.02	0.028	8.15	8.34	9.4	8.42	32.9	24.7	42.5	—	1.39	0.053	0.062	0.765	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
PhysNet2022.02	0.028	8.15	8.34	9.4	8.42	32.9	24.7	42.5	—	1.39	0.0529	0.0615	0.765	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
L1Net2026.01	0.03	—	—	—	—	46	45	68	—	—	0.038	0.088	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
DimeNet++*2026.01	0.03	—	—	—	—	25	20	33	—	—	0.03	0.044	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
L1Net2021.02	0.031	13.46	13.83	13.99	14.36	46	34.6	67.5	—	1.56	0.043	0.088	0.354	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EGNN2022.02	0.031	11	12	12	12	29	25	48	—	1.55	0.029	0.071	0.106	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EGNN2023.04	0.031	11	12	12	12	29	25	48	—	1.55	0.029	0.071	0.106	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SEGNN2023.04	0.031	15	13	15	16	24	21	42	—	1.62	0.023	0.06	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EGNN2026.01	0.031	—	—	—	—	29	25	48	—	—	0.029	0.071	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SEGNN2026.01	0.031	—	—	—	—	24	21	42	—	—	0.023	0.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SchNet2021.02	0.033	14	19	14	14	41	34	63	—	1.7	0.033	0.235	0.073	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SchNet2022.02	0.033	14	19	14	14	41	34	63	—	1.7	0.033	0.235	0.073	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Schnet2023.04	0.033	14	19	14	14	41	34	63	—	1.7	0.033	0.235	0.073	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Schnet2026.01	0.033	—	—	—	—	41	34	63	—	—	0.033	0.235	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SchNet2025.12	0.034	14	19	14	14	41	34	63	—	1.786	0.033	0.235	—	0.073	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
ESAN2025.12	0.034	12	12	13	12	28	24	38	—	1.53	0.02	0.069	—	0.096	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
LieTF2022.02	0.035	17	16	19	17	33	27	51	—	2.1	0.041	0.082	0.448	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
MGCN2019.06	0.038	0.0129	0.0144	0.0146	0.0162	0.0421	0.0574	0.0642	1.67	0.0011	0.11	0.056	0.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
LieConv2023.04	0.038	19	19	22	24	30	25	49	—	2.28	0.032	0.084	0.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
LieConv2026.01	0.038	—	—	—	—	30	25	49	—	—	0.032	0.084	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
CORDS2026.01	0.039	—	—	—	—	32	30	50	—	—	0.086	0.085	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
enn-s2s2019.06	0.04	0.0194	0.0194	0.0168	0.0189	0.0426	0.0374	0.0688	1.9	0.0015	0.18	0.03	0.092	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
NMP2023.04	0.04	20	20	19	17	43	38	69	—	1.5	0.03	0.092	0.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
NMP2026.01	0.04	—	—	—	—	43	38	69	—	—	0.03	0.092	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
KRR+HDAD2019.06	0.044	0.0251	—	—	—	0.0662	0.0842	0.107	23.1	0.0019	1.62	0.334	0.175	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SE(3)-Tr.2023.04	0.054	—	—	—	—	35	33	53	—	—	0.051	0.142	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SE(3)-Tr.2026.01	0.054	—	—	—	—	35	33	53	—	—	0.051	0.142	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SchNet2019.06	0.067	0.0134	0.0189	0.0196	0.0182	0.0507	0.0372	0.0795	3.83	0.0017	0.27	0.071	0.073	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
GG2019.06	0.084	0.0421	—	—	—	0.0567	0.0628	0.0877	6.22	0.0043	6.3	0.247	0.161	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
DTNN2019.06	0.089	0.0364	0.0377	0.0385	0.0357	0.0982	0.1053	0.1502	4.23	0.0031	0.3	0.257	0.131	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
2-DRFWL(2) GNN2023.09	0.0901	0.156	0.153	0.156	0.145	0.0023	0.0023	0.0032	—	0.0002	0.346	0.222	15.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
KRR+BOB2019.06	0.092	0.0667	—	—	—	0.0948	0.122	0.148	13.2	0.0036	0.98	0.423	0.298	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
1-2-3-GNN2023.09	0.0944	0.0427	0.111	0.0469	0.0419	0.0034	0.0035	0.0048	—	0.0002	0.476	0.27	22.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
1-2-GNN2023.09	0.0989	0.0357	0.107	0.14	0.07	0.0033	0.0035	0.0047	—	0.0002	0.492	0.27	21.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
TFN2023.04	0.101	—	—	—	—	40	38	58	—	—	0.064	0.223	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
TFN2026.01	0.104	—	—	—	—	40	38	58	—	—	0.064	0.223	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SSWL+ GNN2023.09	0.1083	0.11	0.106	0.115	0.12	0.003	0.0029	0.0041	—	0.0002	0.418	0.271	18.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
SLFWL(2) GNN2023.09	0.1167	0.083	0.121	0.103	0.124	0.0031	0.0032	0.0045	—	0.0002	0.435	0.289	18.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
LFWL(2) GNN2023.09	0.1192	0.144	0.143	0.164	0.164	0.0033	0.0033	0.0046	—	0.0002	0.439	0.315	19.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
CORDS2026.01	0.142	—	—	—	—	72	70	99	—	—	0.24	0.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
1-GNN2023.09	0.27	2.32	2.08	1.94	2.23	0.0032	0.0036	0.0049	—	0.0012	0.493	0.78	34.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
AtomPair2026.04	0.323	1.377	—	—	1.365	—	—	0.007	—	0.002	0.591	0.674	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
HDC2026.04	0.386	0.578	—	—	0.606	—	—	0.008	—	0.001	0.607	0.692	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
RF+BAML2019.06	0.451	0.2	—	—	—	0.107	0.118	0.141	2.71	0.0132	51.1	0.434	0.638	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Morgan2026.04	0.818	7.251	—	—	7.195	—	—	0.007	—	0.005	0.575	1.834	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Torsion2026.04	0.997	10.073	—	—	10.075	—	—	0.008	—	0.006	0.67	2.243	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EQUIMF2026.04	1.011	—	—	—	—	—	494	—	—	—	1.08	—	—	—	2.37	594	322	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EQUIFM2026.04	1.038	—	—	—	—	—	545	—	—	—	1.112	—	—	—	2.45	599	337	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
EDM2026.04	1.101	—	—	—	—	—	584	—	—	—	1.11	—	—	—	2.76	655	536	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
RDKit2026.04	1.56	9.014	—	—	8.992	—	—	0.007	—	0.008	0.577	2.641	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
GGNN2025.12	1.874	52	52	52	51	58	72	75	—	2.23	0.973	2.495	—	0.828	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
FragNet2025.12	1.884	84	81	79	87	44	61	77	—	2.16	0.865	1.637	—	1.131	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
GIN2025.12	2.587	101	101	101	101	52	62	80	—	2.28	1.174	1.959	—	1.429	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
Branching Flows2025.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.9091	0.9276	0.9876	0.9259	0.9638	0.9408	0.9589	0.9672	0.9946	0.9457
Transdimensional Jumps2025.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.8867	0.8319	0.8726	0.8407	0.8144	0.8553	0.9316	0.8645	0.9678	0.869