De Novo 3D Molecule Generation on GEOM-Drugs benchmark leaderboard · SOTA2 Research

De Novo 3D Molecule Generation on GEOM-Drugs

100Atom Stability (2D)Train

Evaluation Results

Method	Links
Train2025.12		100	0.251	100	100	100	0	58.5	99.9	58.4	13.73	86.1	2.8	0.0002	0.0002	0.0002	—
JODO2025.12		100	2.523	98.1	87.4	90.5	90.2	41.7	99.3	48.3	19.99	84.5	1	0.0849	0.0115	0.0007	—
EQGAT-diff2025.12		100	5.898	98.9	84.5	86.3	85.9	37.7	98.3	16.1	26.33	82.5	0.7	0.155	0.0521	0.0021	—
NExT-Mol2025.12		100	0.334	99.9	100	99.9	94.5	52.9	99.9	55.2	14.69	84.8	—	0.0205	0.0082	0.0002	—
UDM-3D2025.12		100	0.692	92.5	87.9	91.3	90.7	52.5	99	54	17.36	85.2	1.4	0.0099	0.0051	0.0002	—
MolSculpt2025.12		100	0.33	99.9	100	99.9	94.7	53.1	99.9	60.5	13.67	85.4	2.6	0.0787	0.0097	0.0003	—
JODO2026.06		100	—	98.1	87.4	90.2	—	—	—	—	19.99	84.5	1	—	—	—	2.523
EQGAT-diff2026.06		100	—	98.9	84.5	86.3	—	—	—	—	26.33	82.5	0.7	—	—	—	5.898
UDM-3D2026.06		100	—	92.5	87.9	90.7	—	—	—	—	17.36	85.2	1.4	—	—	—	0.692
TopVAE+DiT2026.06		100	—	98.1	95.1	100	—	—	—	—	8.25	83.2	2	—	—	—	2.68
GeoLDM2026.06		99.6	—	90.9	48.2	99.8	—	—	—	—	30.68	84.3	0.8	—	—	—	39.81
CDGS2025.12		99.1	22.051	70.6	28.5	28.5	28.5	26.2	78.9	2.2	—	—	—	—	—	—	—
EDM2026.06		99.1	—	91.4	35.9	99.1	—	—	—	—	31.29	83.1	0.2	—	—	—	40.14
CDGS2026.06		99.1	—	70.6	28.5	28.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22.05
MiDi2025.12		96.8	7.054	82.2	63.3	65.4	65.2	39.2	95.1	19.6	23.14	75	0.3	0.117	0.0957	0.0045	—
MiDi2026.06		96.8	—	82.2	63.3	65.4	—	—	—	—	23.14	75	0.3	—	—	—	7.054
EDM2025.12		—	—	—	—	—	—	—	—	—	31.29	83.1	0.2	0.429	0.496	0.0146	—
EDM2026.06		—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.429	0.496	0.0146	—
GeoLDM2025.12		—	—	—	—	—	—	—	—	—	30.68	84.3	0.8	0.391	0.422	0.0169	—
GeoLDM2026.06		—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.391	0.422	0.0169	—
JODO2026.06		—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.0849	0.0115	0.0007	—
TopVAE+DiT2026.06		—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.0178	0.0158	0.0049	—
UDM-3D2026.06		—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.0099	0.0051	0.0002	—